Der MNU-Bundesverband arbeitet eng mit den MNU-Landesverbänden zusammen und unterstützt diese bei ihrer wichtigen Arbeit. Die Landesverbände machen die MNU-Angebote in Ihrer Nähe verfügbar und sind Ansprechpartner für unsere Mitglieder. Sie ergänzen Inhalte, Fortbildungen und Veranstaltungen um die Besonderheiten des föderalen Schulsystems der jeweiligen Bundesländer.

Die MNU-Landesverbände engagieren sich außerdem intensiv in den unterschiedlichen bildungspolitischen Gremien und nehmen zum Beispiel bei der Konzeption von MINT-Kernlehrplänen in den Bundesländern direkten Einfluss.